电影《神迹之上古传奇》讲述的是2016年的某一天，气管气管科考队的李允意外得到一块上古时期的补天石，气管气管并将其带回上古时代，亲身经历了黄帝和蚩尤的战争，并且与女战士女赤发生了一段意外的爱情邂逅的故事

两人各自身怀绝技，镜室任何任务遇到他们都会迎刃而解。后来两人分别使用交友网站找到了自己心仪的对象，为藏并认定对方就是可以厮守终身的人。

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亲人和队友因此事接连遇害，镜室路飞一度陷入绝望，后面的每一战，都将是决战。富家子弟路飞在留洋时曾目睹中国文物大量外流，为藏痛心不已，于是回国组建了一支打击文物走私的队伍。

一次行动中，族患队伍无意中截获传世珍宝金丝玉盘，殊不知，有无数势力都对玉盘垂涎欲滴

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三十年后，镜室在黑衣人潜藏的仇恨和阴谋下，一场连环绑架犯罪拉开序幕......。没想到随后美芬被两渔民强奸，为藏一时绝望的美芬跳海自杀，留下小李楠被神秘黑衣人偷抱回家抚养长大

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